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一般無菌室是一個(gè)4-5平米，2.5米高的獨(dú)立小房間(與外界隔離)，專用于微生物實(shí)驗(yàn)室，可以用板材和玻璃搭建。無菌室外面要設(shè)置緩沖室，門要開錯(cuò)方向，防止氣流帶入雜菌。無菌室和緩沖室都有密封，室內(nèi)配備的通風(fēng)設(shè)備都要有空氣過濾裝置。在獲得無菌環(huán)境和無菌材料后，我們只有保持無菌狀態(tài)，才能研究一種特定的已知微生物。
在獲得無菌環(huán)境和無菌材料后，需要保持無菌狀態(tài)，以便研究某種特定的已知微生物或利用其功能，否則很容易混入各種外界微生物。外來微生物混入的現(xiàn)象在微生物學(xué)上稱為雜菌。污染預(yù)防是微生物學(xué)中的一項(xiàng)關(guān)鍵技術(shù)。無菌室一方面是消滅菌，一方面是防止污染，這是無菌技術(shù)的兩個(gè)方面。此外，還要防止被研究的微生物，特別是自然界不存在的病原微生物或基因工程微生物從實(shí)驗(yàn)容器中逃逸到外界環(huán)境中。為了這些目的，微生物學(xué)中有許多措施。
無菌室內(nèi)地面和墻壁都要光滑，不易藏污納垢，便于清潔。工作臺(tái)的臺(tái)面應(yīng)該是水平的。無菌室和緩沖室配有紫外燈，無菌室的紫外燈距離工作臺(tái)1m。進(jìn)入無菌室時(shí)，工作人員應(yīng)穿著消毒過的衣服和帽子。
目前絕大多數(shù)無菌室存在于微生物工廠，而一般實(shí)驗(yàn)室使用的是超凈臺(tái)。超凈平臺(tái)的主要作用是利用空氣層流裝置清除工作平臺(tái)上部包括微生物在內(nèi)的各種微小灰塵。通過電動(dòng)裝置，空氣經(jīng)過過濾器后進(jìn)入工作臺(tái)，使工作臺(tái)始終保持在流動(dòng)無菌空氣的控制下。而且靠近外部有高速氣簾，防止帶菌空氣進(jìn)入外部。
在條件艱苦的地方，也可以用木質(zhì)無菌盒代替超凈臺(tái)。該無菌盒結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單，易于移動(dòng)。盒子前面有兩個(gè)孔，不操作時(shí)用推拉門堵住，操作時(shí)可以把胳膊伸進(jìn)去。上部裝有玻璃，方便內(nèi)部操作。盒子內(nèi)部裝有紫外線燈。從側(cè)門，你可以放入器具和菌株。